|
|
Techniky pro získávání dat v genomice
Jaša, Petr ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce si v první řadě klade za cíl představit některé běžné techniky pro získávání dat v genomice a v další řadě naimplementovat vlastní algoritmus vycházející z originální verze algoritmu BLAST jako zástupce zmíněných technik. Práce se konkrétně zaměřuje na DNA sekvence, které v sobě uchovávají genetickou informaci, jež je předlohou živých organismů. Pro rozluštění této informace se používá řada technik. Tento text popisuje algoritmus Fasta a algoritmy rodiny BLAST. Pomocí těchto algoritmů je možné získat o sekvencích DNA, u kterých je známá pouze jejich primární struktura, mnoho důležitých informací. Princip algoritmů spočívá v zarovnání jedné vzorové sekvence DNA, ze které chceme získat informace, s mnoha sekvencemi uloženými v databázi. Ze zarovnání je pak možné u vzorové sekvence, na základě míry její podobnosti se sekvencemi databáze, stanovit s určitou pravděpodobností mnoho různých vlastností.
|
|
|
Zarovnávání částí DNA
Pejř, Václav ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce si klade za cíl zjistit, jaké jsou možnosti v oblasti zarovnávání DNA sekvencí. Na základě těchto zjištění nalézt nejlepší řešení s ohledem na rychlost výpočtu a kvalitu zarovnání. Následně toto řešení implementovat a vytvořit tak fungující program, který bude zarovnání provádět. Práce se nejprve zaměřuje na uvedení do problematiky týkající se biologie, DNA a genetiky. Po uvedení následuje přehled algoritmů, které se pro zarovnávání používají, jejich zhodnocení a výběr nejvhodnějšího algoritmu pro implementaci. Dále se také práce zaměřuje na oblast využití paralelního programování pomocí knihoven OpenCL. Zarovnání se provádí nad mnoha sekvencemi současně, zkoumají se tedy metody jak toto zarovnání provádět a jak dosáhnout nejlepších výsledků.
|
|
|
Následky časného inzultu v excitabilitě mozku laboratorního potkana
Fábera, Petr ; Mareš, Pavel (vedoucí práce) ; Pokorný, Jaroslav (oponent) ; Ošlejšková, Hana (oponent)
Perinatální inzult může vést k trvalému poškození vyvíjejícího se mozku a rozvoji epilepsie. Epileptický status (SE) v perinatálním období vede s odstupem ke zvýšení excitability hipokampu. Funkční a strukturální změny hipokampu jsou podkladem epileptogeneze, procesu vedoucímu k manifestaci temporální epilepsie (TLE). Významnou roli v patogenezi TLE hraje adenosin. Adenosin zajišťuje antikonvulzivní účinek prostřednictvím adenosinových A1 receptorů (A1R). Koncentrace adenosinu podléhá regulaci působením enzymu adenosinkinázy (ADK), která se vyskytuje ve dvou isoformách - ADK-L a -S. Hlavním cílem disertační práce je objasnit souvislost změny excitability hipokampu a exprese A1R a ADK v rámci přirozeného vývoje mozku a po působení SE. Aplikace A1R agonisty 2-chloro-N6-cyclopentyladenosinu (CCPA) a inhibitoru ADK 5- iodotubercidinu (5-ITU) ovlivňuje antikonvulzivní účinek, který se mění s ohledem na změny exprese A1R a ADK. Po navození LiCl-pilokarpinového SE byla studována excitabilita hipokampu pomocí modelu hipokampálních následných výbojů (ADs). Výsledky byly korelovány se změnami exprese A1R a ADK. Krátce po vyvolání SE bylo prokázáno snížení excitability hipokampu, v delším odstupu se měnil v hyperexcitabilitu spojenou s rozvojem spontánních epileptických záchvatů. V průběhu vývoje dochází ke...
|
|
|
Vliv cytosolické nukleotidázy cN-IIIB na imunitní odpověď u \kur{Drosophila melanogaster}
DOLEJŠKOVÁ, Tereza
Adenosin je klíčovou signální molekulou metabolického přesmyku, stěžejního procesu metabolických změn u Drosophila melanogaster při infekci parazitoidní vosičkou. Ovšem veškeré cesty vzniku adenosinu nejsou doposud známé. V této práci jsme studovali potenciální konvertor AMP na adenosin v imunitní odpovědi, cN-IIIB, cytosolickou nukleotidázu, o které je známo, že přijímá methylovaný RNA cap nukleotid 7-methylguanosin jako substrát a chrání buňky před nežádoucí inkorporací tohoto nukleotidu do nukleových kyselin. Tuto vlastnost považujeme za potenciálně také důležitou v metabolickém přesmyku.
|
|
|
Studie vlivu adenosinu na proliferaci buněčné linie BeWo
Papírník, Josef ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Vokřál, Ivan (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student: Josef Papírník Školitel: doc. PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název diplomové práce: Studie vlivu adenosinu na buněčnou proliferace buněčné linie BeWo Placenta je rychle se vyvíjecí orgán zajišťující výživu, ochranu a prostředí pro rostoucí plod. Vývoj plodu je závislý na dodávce nutrientů z krve matky ať už pasivní difúzí nebo zprostředkované transportéry. Jedním ze základních nutrientů jsou nukleosidy, o nichž je známo, že podporují syntézu DNA, a tím růst některých tkání. Protože nukleosidy jsou hydrofilní látky, potřebují pro svůj přestup přes plazmatickou membránu nukleosidové transportéry (NT). Nukleosid adenosin (Ado) má navíc i funkci v buněčné signalizaci. Jeho široké působení zahrnující i ovlivnění proliferace je zajišťováno vazbou na adenosinové receptory (AR). Placenta exprimuje NT a AR, což znamená, že je vybavena pro vychytávání nukleosidů z mateřské krve a zároveň je schopna skrze molekulu adenosinu přijímat signály z vnějšího prostředí. Důležitost nukleosidů pro růst placenty nebyla však doposud zkoumána. Cílem této diplomové práce je testovat vliv nukleosidů na proliferaci buněčné linie BeWo odvozené od choriokarcinomu. Pro tento účel jsme použili proliferačních testy...
|
|
|
Studie vlivu adenosinu na proliferaci buněčné linie JEG-3
Nguyen, Ngoc Duong ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Jirkovský, Eduard (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Nguyen Ngoc Duong Školitel: doc. PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název diplomové práce: Studie vlivu adenosinu na proliferaci buněčné linie JEG-3 Adenosin je signální molekula purinového charakteru, která se podílí na syntéze nukleových kyselin. Transport hydrofilních nukleosidů skrz plazmatickou a organelové membrány je zajištěn dvěma rodinami: SLC28 kódující koncentrační nukleosidové transportéry (CNTs) a SLC29 kódující ekvilibrační nukleosidové transportéry (ENTs). Placenta je komplexní, rychle rostoucí orgán. Vykazuje určitou podobnost s nádory s tím rozdílem, že růst je plně kontrolován. Bylo zjištěno, že u nádorových, ale i některých typů nenádorových buněk, proliferaci podporují extracelulární nukleosidy. Placenta exprimuje vysoké hladiny NTs, což naznačuje schopnost placenty přijímat i vychytávat nukleosidy a využívat je pro svůj růst. Cílem této práce je testování vlivu adenosinu a dalších nukleosidů na proliferaci trofoblastu. Analýza byla provedena na JEG-3 buněčné linii odvozené od placentárního choriokarcinomu pomocí několika metod monitorujících zvýšení počtu buněk na různých úrovních: i) CCK-8 metody, ii) Click-It EdU, iii) CyQuant a iv) analýzy proliferačního markeru MKI-67....
|
|
|
Metabolismus adenosinu a jeho úloha v buněčné fyziologii
Neumannová, Kateřina ; Novotný, Jiří (vedoucí práce) ; Hansíková, Jana (oponent)
Adenosin není jen hlavní složkou důležitých molekul jako ATP, RNA nebo cAMP, ale má také vlastní signální funkci. Proto je jeho extracelulární hladina přísně udržována rovnováhou v tvorbě, odbourávání a transportu. Uvnitř i vně buňky vzniká adenosin hlavně cestou degradace ATP a odbouráván je dvěma enzymy, adenosinkinázou a adenosindeaminázou. Přenos adenosinu přes buněčnou membránu zajišťují nukleosidové transportéry, které se podle mechanismu přenosu dělí na ekvilibrační a koncentrační. Všechny tři popsané procesy se podílí na udržování hladiny adenosinu za normálních podmínek a jejím nárůstu za patologických situací. Extracelulární adenosin se jako signální molekula váže na adenosinové receptory (subtyp A1, A2A, A2B, A3), které prostřednictvím G-proteinů ovlivňují mnoho buněčných signálních drah. Přes tyto dráhy pak adenosin reguluje energetickou homeostázu, projevuje se v regulaci funkce různých orgánů a také v modulaci nervového a imunitního systému, čímž se může účastnit řady patologických procesů. Farmakologické ovlivnění konkrétních adenosinových receptorů nebo enzymů jeho metabolismu může sloužit jako účinná terapie. Některé léky založené na tomto systému už se používají, jiné jsou testovány a řada dalších bude jistě vyvinuta. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vliv perinatální hypoxie na motorický vývoj laboratorního potkana a možnosti ovlivnění
Vachovcová, Sylva ; Mareš, Pavel (vedoucí práce) ; Stuchlík, Aleš (oponent)
Závažná perinatální hypoxie tvoří podstatnou příčinu mozkového poškození u narozených dětí. Rešeršní část této Diplomové práce pojednává o krátkodobých a dlouhodobých motorických projevech laboratorního potkana, o motorických testech, pomocí kterých se motorika potkanů hodnotí, o hypoxickém působení na nezralý centrální nervový systém a o působení látek na adenosinové A1 receptory v mozku. Cílem experimentální části Diplomové práce bylo hodnocení pozdních motorických projevů u potkanů ovlivněných perinatální hypoxií. Perinatální hypoxie byla provedena tak, že březí samice potkana byly umístěny do normobarické hypoxické komory (10 % O2) jedenáctý den březosti, kde porodily a expozice hypoxie byla ukončena 6. den po narození mláďat. Pro hodnocení motorického vývoje byla využita baterie koordinačně náročných motorických testů vždy adekvátních pro příslušný vývojový stupeň potkana. Perinatální hypoxie a její následky dále byly ovlivněny jednorázovou aplikací látky 2-chloro-N(6)-cyclopentyladenosin (CCPA), agonistou adenosinového A1 receptoru, 14. den po narození potkanů. Postižení potkani vykazovali motorické deficity a zpoždění v motorickém vývoji ve 3 ze 4 zvolených motorických testů v porovnání s potkany z kontrolní skupiny. Tyto motorické odchylky však již nebyly zaznamenány ve vývojovém stupni...
|
|
|
Molekulární mechanismy spánkové homeostáze
Dvořáková, Tereza ; Spišská, Veronika (vedoucí práce) ; Rydzyková, Tereza (oponent)
Spánek je základní fyziologický proces, na jehož řízení se podílí cirkadiánní systém s hlavním pacemakerem ležícím v suprachiasmatických jádrech hypothalamu (SCN) a spánková homeostáze odrážející čas strávený vzhůru. Tato práce se zabývá základními charakteristikami spánku, popisuje model dvou procesů regulace spánku a teorii synaptické homeostáze, spojující synaptickou plasticitu a spánek. Dále popisuje funkci a principy cirkadiánního systému včetně syntézy melatoninu a principy homeostatické regulace spánku. V rámci spánkové homeostáze je věnována pozornost roli dopaminu, prostaglandinu D2 a zejména adenosinu. Poté jsou popsány geny, které se účastní spánkové homeostáze a propojují tento proces se synaptickou plasticitou. Nakonec jsou zmíněny poruchy homeostatické regulace spánku u lidí trpících depresí a poslední kapitola se věnuje interakcím cirkadiánního a homeostatického procesu, zejména roli hodinových genů ve spánkové homeostázi. Klíčová slova: spánek, cirkadiánní systém, spánková homeostáze, adenosin
|
|
|
Techniky pro získávání dat v genomice
Jaša, Petr ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce si v první řadě klade za cíl představit některé běžné techniky pro získávání dat v genomice a v další řadě naimplementovat vlastní algoritmus vycházející z originální verze algoritmu BLAST jako zástupce zmíněných technik. Práce se konkrétně zaměřuje na DNA sekvence, které v sobě uchovávají genetickou informaci, jež je předlohou živých organismů. Pro rozluštění této informace se používá řada technik. Tento text popisuje algoritmus Fasta a algoritmy rodiny BLAST. Pomocí těchto algoritmů je možné získat o sekvencích DNA, u kterých je známá pouze jejich primární struktura, mnoho důležitých informací. Princip algoritmů spočívá v zarovnání jedné vzorové sekvence DNA, ze které chceme získat informace, s mnoha sekvencemi uloženými v databázi. Ze zarovnání je pak možné u vzorové sekvence, na základě míry její podobnosti se sekvencemi databáze, stanovit s určitou pravděpodobností mnoho různých vlastností.
|
host ::
RSS.